V onen pamětihodný den 21. srpna 1968, kdy SSSR a další čtyři země socialistického tábora poslaly svá vojska do Československa, byl Čarnogurský, v té době ještě student Právnické fakulty Univerzity Karlovy, na vojenském soustředění na západě země. Ve dvě hodiny v noci byl vojenský tábor zalarmován zprávou o vstupu cizích vojsk do země. Ráno byl tábor obklíčen sovětskými tanky a nad hlavami studentů létal vrtulník, vzpomíná si Čarnogurský.

„Kdyby prezident země, který je podle ústavy také vrchním velitelem ozbrojených sil, Ludvík Svoboda, vydal armádě rozkaz odporovat — pak ano, byl jsem připraven střílet na sovětské vojáky. Mentálně jsem na to byl připraven. A nejen já jsem byl v takovém rozpoložení," řekl Čarnogurský.

Podle názoru politika nebyla československá armáda na odpor připravena. „Z vojenského hlediska by to bylo marné. Prakticky celé území Československa bylo již v prvních hodinách vzato pod kontrolu cizích vojsk. A navíc v dějinách Čechů a Slováků nebylo tradicí svádět beznadějný boj," poznamenal politik, který byl v minulosti jedním z předáků disidentského hnutí.