Jovanović stál v čele srbského MZV v době neúspěšných jednání s kosovskými Albánci za účasti USA a Ruska na jaře 1999 ve francouzském Château de Rambouillet, po nichž následovalo bombardování Jugoslávie letectvem NATO.

„Neexistovala žádná možnost vyhnout se agresi NATO, poněvadž měla pro agresory globální geopolitický význam. Chtěli předvést svoji sílu navzdory mezinárodnímu právu a OSN, získat otevřený prostor pro svoji strategii vojenské expanze na jihovýchod,“ řekl Sputniku bývalý ministr zahraničních věcí.

„Na druhou stranu potřebovali precedent, aby mohli globalizovat intervencionismus mimo systém OSN, bez konzultací s Radou bezpečnosti. Byl to pokus o zřízení základny na Balkánu, aby, jak říkají, napravili chybu exprezidenta USA a bývalého nejvyššího velitele spojenecké armády Dwighta Eisenhowera za druhé světové války a přiblížili své základny k západním hranicím Ruska,“ řekl Jovanović.

Připomněl, že po agresi NATO byla v blízkosti města Uroševac v Kosovu a Metochii postavena největší vojenská základna v Evropě, Camp Bondsteel.

„Byl to první článek v řetězu nových amerických základen. Pak byly zřízeny 4 americké vojenské základny v Bulharsku, 4 v Rumunsku, několik dalších na Baltském moři, atd. Žádné ústupky by je neuspokojily a nedaly by se  srovnávat s geopolitickými cíli USA a západní aliance, agresi se vyhnout nedalo,“ zdůraznil bývalý jugoslávský ministr.

Podle Jovanoviće Jugoslávie tenkrát nikomu nevyhrožovala, oficiální Bělehrad nepočítal s tím, že se podaří zvítězit nad NATO, „ale snažil se za každou cenu ubránit se před agresí.“

V roce 1999 vyústila ozbrojená konfrontace albánských separatistů z Kosovské osvobozenecké armády, srbské armády a policie do bombardování Svazové republiky Jugoslávie (v této době se skládala ze Srbska a Černé Hory) letadly NATO.

Nálety NATO trvaly od 24. března do10. června 1999. Přesný počet obětí není znám. Podle odhadu srbských úřadů zahynulo při bombardování asi 2,5 tisíce lidí včetně 89 dětí. Zranění utrpělo 12,5 tisíce lidí. Hmotné škody činí podle různých odhadů 30-100 miliard dolarů.