Podle Koudelky BIS nechce a nikdy nechtěla říkat, co se má a nemá učit na školách, nechce tvořit osnovy a přepisovat učebnice, služba jenom provádí sběr informací, vytváří kvalitní analýzy a upozorňuje představitele státu na rizika z jakékoli oblasti našeho života.

Ředitel kontrarozvědky uvedl, že ve své poslední veřejné výroční zprávě BIS jenom upozornila na úroveň výuky moderních dějin v českých školách, která je nízká, a celá čtvrtina učitelů předmět nepovažuje za zásadní.

„Poznámka (o výuce moderních dějin na českých školách — red.) vlastně neříká nic jiného, než to, co dlouhodobě tvrdí nejenom učitelé, ale třeba i historici a co ukázal v roce 2016 výzkum České školní inspekce — moderní dějiny se podle něj neučí tolik, kolik by bylo zapotřebí a celá čtvrtina učitelů je nepovažuje za zásadní. Poznámka pod čarou byla dezinterpretována a tyto dezinterpretace si žijí svým životem," řekl Koudelka.

Podle Koudelky v současné době zpravodajské služby se stávají jedním z důležitých terčů propagandy a překrucování faktů, a je důležité věnovat zvláštní pozornost oblasti vzdělávaní, protože „jedině odolnost vůči dezinformacím a schopnost vlastního úsudku je zásadní pro zachování právního státu, demokracie a našeho způsobu života".

„Považujeme, ve shodě s velkou částí odborné veřejnosti, za stěžejní, aby mladí lidé opouštěli náš školní systém s mnohem širšími znalostmi moderních dějin včetně důležitých a mnohdy ne příliš známých souvislostí. Protože jen občan, který bude chápat naší historii ve všech souvislostech, bude schopen čelit stále většímu informačnímu chaosu a zvládne rozlišit dezinformace od reality," sdělil Koudelka.

Šéf BIS si myslí, že debatu o výuce moderních dějin je třeba pokračovat, a klíčovou roli zde hrají učitelé, které označil za klíče k budoucnosti schopné připravit děti, aby se ve stále komplikovanějším světě neztratily.

„Nemám radost z toho, že upozornění na jedno velmi významné riziko se stalo záminkou pro útok na BIS. Na stranu druhou jsem za debatu o výuce moderních dějin na našich školách vděčný a doufám, že nezapadne, což bude hlavně na učitelích. Právě učitelé jsou pro nás klíčem k budoucnosti, oni jsou těmi, kteří mohou připravit naše děti, aby se ve stále komplikovanějším světě neztratily," uvedl.

Na začátku prosince Bezpečnostní informační služba zveřejnila výroční zprávu za rok 2017, ve které varovala před rostoucím vlivem Ruska. Zvláštní důraz byl věnován oblasti školství. Podle kontrarozvědky je výuka historie národního obrození v Česku zasažena proruským panslovanstvím.

14. ledna 2019 portál Novinky.cz informoval, že Michal Koudelka se setkal s představitelem ministerstva školství, které po schůzce uvedlo, že chce zajistit prostor pro vyváženou výuku moderních dějin na školách.

Závěry výroční zprávy BIS byly kritizované řadou českých historiků, sama kontrarozvědka BIS začala čelit obviněním ze snah přepisovat dějepis.