Důvodem k auditu se stalo podezření evropských úřadů, že by český premiér Andrej Babiš (ANO) mohl být ve střetu zájmů kvůli dotacím pro holding Agrofert. První část auditu proběhne na ministerstvu práce a ministerstvu pro místní rozvoj a příští týden bude celý proces pokračovat ve Státním zemědělském intervenčním fondu (SZIF).

Dané podezření o střetu zájmů vznesla česká pobočka Transparency International. Toto podezření následně podpořila opoziční strana Pirátů. Protikorupční organizace se domnívala, že i když byl Agrofert převeden do svěřenských fondů, může jej český premiér ovlivňovat i během jednání o podobě evropského rozpočtu či jednání o rozdělování evropských dotací v České republice.

Před auditem, který má trvat pět dnů, poskytlo ministerstvo zemědělství podklady k prověření plateb evropských dotací společnosti Agrofert. Veronika Vároši, mluvčí ministerstva pro místní rozvoj, uvedla, že se audit zaměří na fungování Rady pro Evropské strukturální a investiční fondy a fungování řídícího a koordinačního výboru.

„V případě MPSV audit ověřuje nastavení systému řízení a kontroly operačních programů v gesci resortu, to jest operační programy Zaměstnanost a Lidské zdroje a zaměstnanost, se zaměřením na předcházení střetu zájmů," vysvětlila Hanousek Eckhardová.

Podle portálu je nové nařízení EU týkající se střetu zájmů platné od 2. srpna roku 2018 a od té doby SZIF neproplatil koncernu Agrofert žádný nový projekt z evropského PRV. Ovšem fond stále vyplácí dotace na starší projekty nebo na přímé platby. Mluvčí koncernu Karel Hanzelka prohlásil: „Nevidíme jakýkoli právní důvod, proč bychom měli zastavit čerpání dotací, či dokonce dotace vracet."

Předseda vlády Andrej Babiš opakovaně uvádí, že se nenachází kvůli evropským dotacím pro koncern Agrofert ve střetu zájmů, jelikož společnost vložil do svěřenského fondu a nemá na něj žádný vliv. Günther Oettinger, eurokomisař pro rozpočet, v prosinci Babišovi doporučil a popsal tři způsoby, kterými by se mohl střetu zájmů zbavit. Poté se premiér Babiš vzdal předsednictví ve vládní Radě pro Evropské strukturální a investiční fondy. Mimo jiné se na konci listopadu v médiích objevila zpráva evropských právníků, podle níž by Česku mohlo hrozit, že bude muset vrátit část dotací Agrofertu, které byly proplaceny v roce 2018. Celý případ v současné době zkoumá evropský audit.