Současné území Kerče bylo poprvé osídleno až v prehistorickém období. Existují archeologické vykopávky, které svědčí o tom, že na Krymském poloostrovu přebývali neandertálci. V antickém období existovalo město Pantikapej založené řeckou kolonizací. Ve středověku bylo dané město střídavě ovládáno Byzantskou, Chazarskou a Tjurskou říší. V 18. století Kerč náležel Ruské říši. Všechna tato období ponechala památky na vzhledu tohoto města. V době 2. světové války se Kerč stal scénou surových bojů mezi sovětskými a německými armádami. Město bylo téměř zničeno a znovu bylo založeno po válce. Kerč získal ocenění Města-hrdiny.

V roсе 2018 byl otevřen Krymský most, který spojuje Kerč a Krym s Krasnodarským krajem. Na podzim roku 2018 toto město neblaze proslulo kvůli masové vraždě v Kerčenské polytechnické průmyslové škole.